蒙古高原地区的许多蒙古部落原本是金朝统治下的少数民族。 随着金朝的逐渐衰落，蒙古的势力开始壮大，并逐渐脱离了金朝政权的统治。 金泰和四年（1204年），蒙古首领铁木真通过残酷的战争统一了蒙古高原上的蒙古部落。 太和六年（公元1206年），铁木真被各部落推举为“成吉思汗”，在漠北建立政权。 国号“也克乌鲁斯”，即大蒙古帝国。 大蒙古国建立后，不断发动征服战争，扩大领土。 1217年灭西辽，1219年西征花剌子模，一路进攻伏尔加河流域。 1225年东归，1227年灭西夏。成吉思汗也在西夏征途中病逝。 蒙古军队的对外战争是征服性质的。 为了减少蒙古军队的伤亡，加快战争进度，蒙古军队在战争中对敌人采取了残酷野蛮的政策。 向蒙古军投降的地区受到的破坏相对较小，而大量勇敢抵抗的地区则遭到屠杀和奴役，无数财产被掠夺和破坏。 战争的结果是建立了一个疆域空前辽阔、人口规模和经济总量世界第一、影响一时的庞大帝国。 但值得注意的是，这一系列的征服战争给包括中国在内的欧亚大陆许多古老文明带来了巨大的破坏。 无数国家遭受残酷、不公平的民族压迫，无数人民和财产在战争和随后发生的瘟疫、饥荒和自然灾害中损失。 对于饱受战争蹂躏的地区来说，这也是罕见的黑暗时期。

整个蒙古帝国从1206年持续到1635年。1259年蒙哥汗王在四川去世后元朝移民，他的弟弟忽必烈和阿里不哥开始争夺汗位。 1260年3月，阿里不克在宗旺阿索台等大部分蒙古正统派系的支持下，在蒙古帝国首都哈拉赫林通过了“库里勒台”会议，成为大汗。 与此同时，忽必烈在与南宋议和后返回开平（今内蒙古多伦）。 在中原儒臣和一些蒙古国王的支持下，他集结起来，自称大汗。 1260年4月，忽必烈设立中书省，主管国家事务。 1260年5月，忽必烈颁布《即位诏书》法令，建立袁仲统。 由于忽必烈在中原汉族地区自封可汗，实行汉法，明显违背了蒙古传统，引起了阿里不克和蒙古正统派的强烈不满。 忽必烈与阿里不哥立即发动了四年可汗战争。 直到1264年阿里不哥兵败投降元朝移民，忽必烈才被指定为一人。 但他的《行汉法》主张引起许多蒙古贵族的不满，拒绝归顺忽必烈汗国。 结果，其他几个蒙古汗国也变得敌对。 忽必烈汗政权当时只包括“中国”（不完全是今天意义上的中国）和蒙古高原地区。 从此，蒙古帝国不复存在。 至元八年（公元1271年），忽必烈颁布“建国浩昭”法令，取《周易》中“大乾元”之意，正式国号“元”。 这是蒙古政权从世界帝国向中原王朝转变的分水岭。 之前蒙古政权对中原地区实行的是非常游牧式的掠夺性统治。 中原只是其领土的一部分。 直到忽必烈，才转变为以中国为主体的王朝。 在此之前，“元”这个名字还没有出现，所以“元朝”的建立应该从此算起。

至元九年（公元1272年），在刘秉忠的策划下，在中原大都（今北京）建都。 元朝十三年（公元1276年），元军攻陷南宋都城临安（今浙江杭州），俘虏了5岁的宋恭帝和谢太后。 元朝十六年（公元1279年），元军在崖山海战中全歼南宋最后的抵抗。 陆秀夫将8岁的皇帝赵昺扔海而死，南宋灭亡。 此后，元军又进攻越南、日本等周边地区，其中最著名的就是试图征服日本的战争。 一般认为，台风（日本人称之为“神风特攻队”）是元军失败的最大原因。